Alle medlemssamfunn med over 5000 medlemmer har én representant i rådets styre med unntak av Den norske kirke som har 3 representanter. Grupper av kirker og trossamfunn med over 3000 medlemmer samlet, representeres i styret ved én felles representant pr. gruppe.
Alle medlemmer og observatører har møte- og talerett. Styremedlemmene oppnevnes av medlemssamfunnene for en periode på 2 år. Hvert styremedlem skal ha et personlig varamedlem.
Leder: Per Anders Sandgren
Nestleder: Jarle Skullerud